Von 2000 bis 2008 war Zechner als Historiker für die Israelitische Kultusgemeinde Wien tätig. Im Rahmen der Anlaufstelle der Israelitischen Kultusgemeinde Wien für jüdische NS-Verfolgte in und aus Österreich, die er von 2003 bis 2008 leitete, beschäftigte er sich mit NS-Vermögensentzug und Restitution. Arbeitsschwerpunkte waren Kunstrestitution und Naturalrestitution von Liegenschaften, die Erforschung des Vermögens der jüdischen Organisationen Österreichs, die Wiederherstellung des Archivs der Israelitischen Kultusgemeinde Wien und die Konzeption des Wiener Wiesenthal Instituts für Holocaust-Studien (VWI). 2002–2008 war Zechner Mitglied der Kommission für Provenienzforschung, 2003–2008 Mitglied der Wiener Rückstellungs-Kommission. Von Januar bis Anfang November 2009 war er Geschäftsführer des Wiener Wiesenthal Instituts für Holocaust-Studien (VWI).[1]
2010 bis 2011 war Zechner als Forscher am Verein für Geschichte der Arbeiterbewegung (VGA) in Wien tätig, seit 2011 ist er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Ludwig Boltzmann Institut für Geschichte und Gesellschaft (LBIGG) in Wien, seit 2015 dessen Leiter. Das Institut wurde 2019 in das Ludwig Boltzmann Institute for Digital History (LBIDH) transformiert. Von 2013 bis 2016 war er Stv. Direktor und Wissenschaftskoordinator des IFK Internationales Forschungszentrum Kulturwissenschaften in Wien.
Mitarbeit in und Leitung von zahlreichen Forschungsprojekten. Vortragstätigkeit in Österreich, Deutschland, der Schweiz, Frankreich, Griechenland, Schweden, Island, Polen, Russland, Israel, Kanada und in den USA.
Schriften (Auswahl)
Monographien
Bild und Ereignis. Fragmente einer Ästhetik. Turia+Kant, Wien 1999, ISBN 3-85132-228-2
Deleuze. Der Gesang des Werdens. Wilhelm Fink Verlag, München 2003, ISBN 3-7705-3915-X
Sammelbände
Die helle und die dunkle Seite der Moderne. Festschrift für Siegfried Mattl zum 60. Geburtstag. Turia+Kant, Wien 2014 (gemeinsam mit Werner Michael Schwarz), ISBN 978-3-85132-751-9.
Abenteuer Alltag. Zur Archäologie des Amateurfilms. Synema, Wien 2015 (gemeinsam mit Siegfried Mattl, Carina Lesky und Vrääth Öhner), ISBN 978-3-901644-63-4
Ordnung muss sein. Das Archiv der Israelitischen Kultusgemeinde Wien. Jüdisches Museum Wien, Wien 2007 (gemeinsam mit Felicitas Heimann-Jelinek und Lothar Hölbling), ISBN 978-3-901398-45-2