PapstPius IX. ernannte ihn am 28. September 1863 zum Bischof von Faro. Die Bischofsweihe empfing er am 14. Februar 1863 in Lissabon durch den dortigen Patriarchen und Kardinal, Manuel Bento Rodrigues da Silva. Er nahm am Ersten Vatikanischen Konzil in Rom in den Jahren 1869 und 1870 teil. Er wurde am 25. April 1871 zum Patriarchen von Lissabon erhoben.