1846 zog Faißt nach Stuttgart, arbeitete dort zunächst als Klavierlehrer und übernahm noch im gleichen Jahr die Leitung einer Orgelschule. Ein wesentlicher Schwerpunkt seiner Arbeit wurde seine Tätigkeit als Dirigent bei zwei Stuttgarter gemischten Chören. Der von Alois Schmitt gegründete Verein für klassische Kirchenmusik, den Faißt bis 1891 leitete, wurde zu einem der führenden deutschen Chöre der Kirchenmusik. In der Zeit von 1848 bis 1857 leitete Faißt zusätzlich den Stuttgarter Liederkranz. Nebenbei wurde Faißt 1849 in Tübingen mit einem musikwissenschaftlichen Thema promoviert.
1856 wurde er zum Professor ernannt. 1857 gründete er zusammen mit Sigmund Lebert, Wilhelm Speidel und weiteren Musikern die Stuttgarter Musikschule, die heutige Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Stuttgart. 1859 übernahm er deren Leitung, die er über drei Jahrzehnte bis zu seinem Tod innehielt.
Wegen seiner erfolgreichen und hochangesehenen Chorarbeit wurde Faißt zum Leiter der württembergischen Sängerfeste ernannt. 1865 war er in Dresden der Dirigent des ersten Sängerfestes des 1862 gegründeten Deutscher Sängerbunds. Das süddeutsche Chorleben prägte er durch seine zahlreichen Tätigkeiten als Komponist, Dirigent, Organisator und Preisrichter.
Werke
Seine Kompositionen stehen in der Tradition von Mendelssohn Bartholdy, aber auch die tiefgehende Kenntnis der Zeit vor Bach kam seinen Kompositionen zugute. Neben einigen Instrumentalwerken und Liedern für einen Solisten komponierte er primär für Chöre, sowohl a cappella als auch mit Begleitung durch ein Orchester. Zu seinen bekannteren Stücken gehören die Orgelwerke Introduction und Fuge in d-Moll und die Sonate in E-Dur, das a cappella zu singende Trostlied und die MotetteIch will singen von der Gnade des Herrn ewiglich.
Zusätzlich veröffentlichte er mehrere Lehrbücher für den Musikunterricht, u. a. 1847 die Tonsatzlehre für künftige Organisten und zusammen mit L. Stark die Elementar- und Chorgesangschule für höhere Lehranstalten, die zwischen 1880 und 1882 erschien.
Einer seiner Studenten und Mitarbeiter in Stuttgart war der US-amerikanische Musiktheoretiker Percy Goetschius, dessen Lehrmethoden von Faißt geprägt wurden.
Alexander Eisenmann: Faißt, Immanuel. Mitbegründer und Direktor des Stuttgarter Konservatoriums für Musik, Chorleiter, Orgelmeister und Komponist. 1823 bis 1894. In: Hermann Haering, Otto Hohenstatt (Hrsg.): Schwäbische Lebensbilder. Bd. 2, Kohlhammer, Stuttgart 1941, S. 136–154.