Hüppe trat 1971 in die Junge Union (JU) und 1974 auch in die CDU ein. Er gehörte von 1982 bis 1990 dem JU-Landesvorstand in Nordrhein-Westfalen an und war von 1983 bis 1987 Vorsitzender des JU-Kreisverbandes Unna. Er wurde 1988 Mitglied des CDU-Bezirksvorstandes Ruhrgebiet und 1989 Kreisvorsitzender der CDU Unna.
Mitglied des Deutschen Bundestages
Hüppe rückte am 1. Februar 1991 für den ausgeschiedenen Abgeordneten Bernhard Worms in den Bundestag nach und war bis 2009 Mitglied des Deutschen Bundestages. Hier war er von 1998bis 2005 stellvertretender Vorsitzender der Enquête-KommissionEthik und Recht der modernen Medizin. Von 2002 bis 2009 war Hüppe Beauftragter der CDU/CSU-Bundestagsfraktion für die Belange der Menschen mit Behinderungen. 2006 bis 2009 gehörte er außerdem dem Fraktionsvorstand an.
Bei der Bundestagswahl 2009 kandidierte Hüppe im Wahlkreis Unna I, konnte aber das Direktmandat nicht gewinnen. Da die CDU in Nordrhein-Westfalen sehr viele Direktmandate erhielt, waren auf der Landesliste nur sehr wenige Plätze zu vergeben und er zog nicht in den 17. Bundestag ein.[3][4] Nach dem Tod des Abgeordneten Jürgen Herrmann im August 2012 rückte Hüppe in den Deutschen Bundestag nach.[5] Bei der Bundestagswahl 2013 wurde er über die Landesliste NRW gewählt.[6]
Während Hüppe bei der Bundestagswahl 2017 den Wiedereinzug ins Parlament verpasste, wurde er 2021 erneut über die Landesliste NRW in den 20. Deutschen Bundestag gewählt.[7]
Nachdem Jörg Schneider als Kandidat der AfD-Bundestagsfraktion für den Ausschussvorsitz nicht die Mehrheit der Abgeordneten gefunden hatte, wurde kommissarisch Hubert Hüppe zum Vorsitzenden des Ausschusses für Gesundheit bestimmt. Er ist das dienstälteste Mitglied dieses Ausschusses.[1]
Am 16. Dezember 2009 wurde Hubert Hüppe vom Bundeskabinett zum Beauftragten der Bundesregierung für die Belange behinderter Menschen ernannt.[9] Mit Bildung der Großen Koalition im Dezember 2013 ging das Amt des Behindertenbeauftragten an die SPD. Nachfolgerin im Amt wurde Verena Bentele.
Hüppe sprach 2024 während einer Diskussion über NIPT (Nicht-invasiver Pränataltest) von einer „Fahndung“ nach Trisomie und sagte, er stelle sich „gegen Selektion“.[11]
Nach eigener Aussage wurde Hüppe am 20. September 2014 beim Marsch für das Leben in Berlin von Mitarbeitern des ZDF „körperlich angegangen“.[14] Das ZDF bestätigte, dass es zu einer Auseinandersetzung kam, gab jedoch Hüppe die Schuld an der Eskalation. Die Mitarbeiter hätten lediglich ihre Dreharbeiten abgeschirmt, da Hüppe diese gestört und das Team bedrängt habe.[15][16]