Atahualpa begründete seinen Anspruch auf den Nordteil des Inka-Reiches mit der Behauptung, Huyana Cápac, der in Quito residierte, habe vorgehabt, das Reich zu teilen, Huáscar sollte in Cusco herrschen, Atahualpa im nördlicher gelegenen Quito.
Als Huáscar diesen Anspruch zuerst anerkannte, aber danach zurückwies, kam es zum Bürgerkrieg, der mit der Gefangennahme Huáscars und der Plünderung und teilweisen Zerstörung Cuscos endete. Atahualpa und seine Offiziere sahen sich trotz der Verwandtschaft mit Huáscar in der Tradition der Scyr (die vor der Eroberung durch beider Großvater Túpac Yupanqui herrschende Dynastie in Quito) und rächten sich an der Bevölkerung Cuscos für ihre Treue zu Huáscar. Huáscar musste der Ermordung seiner gesamten Familie und seines Hofstaats beiwohnen.
Kurz darauf wurde Atahualpa von einer kleinen Gruppe Spanier im Handstreichgefangen genommen, behielt aber seine Befehlsgewalt. Atahualpa ließ daraufhin Huáscar ermorden, um zu verhindern, dass die Spanier ihn befreiten und sich mit ihm verbündeten.
Ausführlichere Informationen zum Krieg und dessen Ablauf finden sich im Artikel zu Atahualpa.