Aus Anlass seiner Hirtenbriefe und dem Eintreten für die Einheit der katholischen Ostkirchen wurde er nach der Besetzung der Ukraine durch die Sowjets verfolgt. Er floh 1914 nach Wien und kehrt zwei Jahre später zurück. In seinem Bistum führte er den Gregorianischen Kalender ein, er ernannte in seinem Bistum den byzantinischen Ritus nach der griechisch-katholischen Kirche als gültig und führte 1921 den Zölibat für die Priester ein. Politisch polarisierte er mit der von ihm geleiteten „Ukrainischen Katholischen Volkspartei“[5], die in seiner Diözese hohe Wahlergebnisse erreichte. Bischof Chomyschyn wurde 1939 von der Geheimpolizei der UdSSR, dem NKWD, arrestiert, gefoltert und verhört. 1945 verschleppte man ihn in das Lukjaniwska-Gefängnis nach Kiew, in dem er auch an den Folgen der Qualen und Leiden am 17. Januar 1947 verstarb. Er wurde am 27. Juni 2001, gemeinsam mit vierundzwanzig weiteren ehrwürdigen Dienern und Dienerinnen Gottes, von Papst Johannes Paul II. zum Märtyrer und Seligen erklärt.
