Faye wurde 1862 Mitglied und 1876 Präsident des Bureau des Longitudes und war 1877 für einige Wochen französischer Bildungsminister. Er wurde 1843 zum Ritter, 1855 zum Offizier und 1870 zum Kommandeur der Ehrenlegion ernannt. Von 1889 bis 1891 war er Präsident der Société astronomique de France.
1891 wurde er Präsident der permanenten Kommission der internationalen Erdmessung und arbeitete auf den Gebieten Meteorologie, Erdbebenforschung und Geodäsie.