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Hermanns Eltern waren Wennemar von Brüggenei und Christine von Oldenbockum. Der Landmeister Wennemar von Brüggenei war mit ihm entfernt verwandt. Hermann kam als Kind nach Livland. Er trat dort in den Deutschen Orden ein. Von 1513 bis 1519 war er Hauskomtur in der Ordensburg Riga und von 1519 bis 1527 Vogt von Bauske. Nach dem Tod des Landmarschalls Johann von dem Broele im Jahre 1529 folgte er diesem in das Amt. 1533 wurde er vom Landmeister Wolter von Plettenberg zum Koadjutor ernannt. Nach Plettenbergs Tod 1535 wurde Hermann von Brüggenei sein Nachfolger als Landmeister in Livland.
Erstmalig wurde im Livländischen Orden mit Brüggenei ein Koadjutoramt eingeführt, bei dem es vor allem um eine Nachfolgeregelung ging.[1]
Hermann von Brüggenei konnte sich einer ruhigen Regierungszeit erfreuen, da seit 1531 mit dem Großfürsten von Moskau ein 20-jähriger Frieden herrschte. Auch mit dem Erzbischof von Riga gab es keine Probleme. Brüggenei unterstützte die römisch-katholische Kirche gegen die Reformation. 1549 starb Brüggenei, wahrscheinlich an der Pest.
Juhan Kreem: Der Deutsche Orden in Livland unter Hermann von Brüggenei: Bemerkungen zu Regierungspraxis und Religionspolitik. In: Roman Czaja, Jürgen Sarnowsky (Hrsg.): Die Ritterorden in Umbruchs- und Krisenzeiten. Band16, 2011, ISSN0867-2008, S.303–315 (prussia.online [PDF]).