Im November 1866 wurde Stisted zum Kommandeur der britischen Truppen in der Provinz Kanada ernannt. Er begab sich nach Toronto und übernahm das Kommando am 1. Januar 1867. Darüber hinaus amtierte er ab 1. Juli 1867 als erster Vizegouverneur der neu gegründeten Provinz Ontario. Die wichtigste Aufgabe in diesem repräsentativen Amt war die Ernennung des ersten Premierministers der Provinz, John Sandfield Macdonald. Bereits am 15. Juli 1868 trat William Pearce Howland Stisted Nachfolge an. Er blieb noch ein Jahr in Toronto, übernahm für kurze Zeit ein Kommando in Québec und kehrte schließlich nach Großbritannien zurück.