Von 1982 bis 1983 lehrte er vertretungshalber an der Justus-Liebig-Universität Gießen und entwickelte unter Lore Steubing eine neue Gewässergüteklassifikation mittels Höherer Pflanzen als Bioindikatoren. Von 1989 bis 1997 war er mitverantwortlich im Projekt „Datenbank Gefäßpflanzen“. In den Jahren 1983 bis 2007 leitete er die Arbeitsgruppe Geobotanik am Lehrstuhl für Spezielle Botanik an der Ruhr-Universität Bochum. Am 28. Februar 2007 ging er in den Ruhestand.
Von 1977 bis 2010 war Henning Haeupler zweiter Vorsitzender der Floristisch-Soziologischen Arbeitsgemeinschaft. Zwischen 1989 und 2016 oblag ihm die Organisation des Westfälischen Floristentages in Münster (Jahrestagung der westfälischen Botaniker, übernommen von Fritz Runge).
Werke
Gründung der (Göttinger) Floristischen Rundbriefe, Herausgabe 1. – 41. Jahrgang, seitdem Beiratsmitglied
Atlas der Farn- und Blütenpflanzen der Bundesrepublik Deutschland (1988, 1989)
Standardliste der Farn- und Blütenpflanzen Deutschlands (1998)
Bildatlas der Farn- und Blütenpflanzen der Bundesrepublik Deutschland (2000, 2007)
Verbreitungsatlas der Farn- und Blütenpflanzen in Nordrhein-Westfalen (2003)
↑Götz Heinrich Loos: Taxonomische Neukombinationen zur Flora Mittel- und Osteuropas, insbesondere Nordrhein-Westfalens. Jahrbuch des Bochumer Botanischen Vereins. Bd. 1, 2010, S. 114–133 (PDF 225 kB)