Im November 1969 wurde Heinz Gerischer zum Direktor des Fritz-Haber-Institutes der Max-Planck-Gesellschaft ernannt. Er übernahm die Abteilung Physikalische Chemie und entwickelte einen neuen Forschungsschwerpunkt auf dem Gebiet der Elektrochemie der Metalle und Halbleiter unter Einbeziehung photochemischer Effekte. Die Forschung an Festkörperoberflächen im Ultrahochvakuum und im Kontakt mit Gasen wurde verstärkt betrieben.
Aufbauend auf der schon von Max von Laue im Institut eingeführten Tieftemperatur-Technik wurde die Matrixisolationsspektroskopie als Forschungsgebiet aufgenommen, um an Atom-Clustern den Übergang zwischen Atom- und Festkörpereigenschaften zu studieren.
Im Jahr 1973 wurde Gerischer zum Mitglied der Leopoldina gewählt.
Heinz Gerischer war der Doktorvater des Nobelpreisträgers Gerhard Ertl, der ihm 1986 am Fritz-Haber-Institut nachfolgte, sowie Doktorvater von Dieter M. Kolb, der zu Gerischers Ehren das Gerischer-Symposium begründete.
Nach Heinz Gerischer ist der Heinz Gerischer Award der Europäischen Sektion der Electrochemical Society benannt, der 2003 erstmals verliehen wurde.
Adam Heller, Dieter Kolb, Krishnan Rajeshwar: The Life and Work of Heinz Gerischer (PDF-Datei; 1012 kB), in: The Electrochemical Society Interface, Fall 2010 (umfangreicher Artikel über Leben und Werk Gerischers, englisch)