1576 wurde er zusätzlich durch Kaiser Maximilian II. zum Administrator des Hochstifts Fulda ernannt. In der Zeit als Hochmeister verschlechterten sich die Beziehungen zu Kaiser Maximilian II. massiv. Er musste es unter Kaiser Rudolf II. hinnehmen, dass man ihm ab 1585 einen Koadjutor, seinen späteren Nachfolger als Hochmeister, den Sohn Maximilians und Bruder des Kaisers, Maximilian III., zur Seite stellte und er faktisch seine Macht abgeben musste.[2] So übergab Bobenhausen nach der Eidesleistung von Maximilian im Oktober 1585 die Residenz und die Kammerhäuser in Mergentheim an Maximilian.[3] 1586 erfolgte dann die Erlaubnis zur Führung des preußischen Hochmeisterkreuzes durch Maximilian unter Vorbehalt der Superiorität, der Regalien und des Titels des Hoch- und Deutschmeisters.[4] 1586 musste er auch die Administration der Reichsabtei Fulda an Maximilian. abgeben. Den Versuch der erneuten Übernahme der Ordensregierung im 1587 unterband der Mergentheimer Statthalter.[5] Er zog sich im Herbst 1585 gegen ein jährliches Deputat in das deutschmeisterliche Kammerhaus in Weißenburg im Elsaß zurück. Am 12. Dezember 1590 resignierte Bobenhausen auf seine Hochmeisterwürde und starb am 21. März 1595 in Weißenburg und wurde in der dortigen Kommendenkirche beigesetzt.[6]
↑Die Hochmeister des Deutschen Ordens 1190-2012. In: Udo Arnold (Hrsg.): Quellen und Studien zur Geschichte des Deutschen Ordens. 2. erweiterte und korrigierte Auflage. Band40. Verlag und Datenbank für Geisteswissenschaften, Weimar, S.193.