Er war der achte Sohn des späteren Kaisers Leopold II. und dessen Frau Marie Luise Ludowica. Zur Zeit seiner Geburt war sein Vater Großherzog der Toskana. Nach der Wahl seines Vaters zum Kaiser erhielt Anton Viktor eine Erziehung am Wiener Hof. Nach dem Tod seines Onkels, des Kölner Kurfürsten und Bischofs von Münster Maximilian Franz von Österreich, wurde er am 9. September 1801 zum Bischof von Münster und am 7. Oktober in der Kirche des Stifts Wedinghausen zum Erzbischof von Köln und damit zum Kurfürsten gewählt. Er hatte den Kandidaturen zuvor zugestimmt und am 28. August 1801 die Tonsur empfangen. Beide Ämter trat er allerdings wegen der politischen Umstände nie an. Der rheinische Teil des kölnischen Kurstaates war zu dieser Zeit französisch besetzt. Den Rest des Kurstaates bildete das Herzogtum Westfalen. An der Wende der Jahre 1801/02 sah die Wiener Politik angesichts des Friedens von Lunéville und der damit bevorstehenden Säkularisation der geistlichen Staaten keine Möglichkeit mehr, den Fortbestand von Anton Viktors Herrschaftsgebieten zu sichern. Im August 1802 schuf dann Preußen vollendete Tatsachen, als es seine Truppen in Münster einmarschieren ließ. Ebenso handelte Ludwig X. von Hessen im September mit der Annexion des Herzogtums Westfalen, des noch bestehenden Restes des Kurstaates. Der Reichsdeputationshauptschluss von 1803 bedeutete dann auch staatsrechtlich das Ende des Kölner Kurstaates wie auch des Hochstifts Münster.
Im Jahr 1804 übernahm Anton Viktor die Position des Hochmeisters des Deutschen Ordens. Im Jahr 1805 scheiterte sein Versuch, im Auftrag seines Bruders Franz II. Preußen zu einer Allianz mit Österreich zu bewegen. Von 1816 bis 1818 amtierte Anton Viktor als Vizekönig des Königreiches Lombardo-Venetien. Anschließend übernahm er keine politischen Positionen mehr. Lediglich einige Ehrenämter wie Protektorate über ein Blindeninstitut, der „Gesellschaft der Freunde der österreichischen Musik,“ oder der „Gesellschaft der Blumenfreunde Wiens.“ Anton Viktor war botanisch interessiert und ließ eine Reihe von Gärten anlegen.
Im Jahr 1862 wurde in Wien-Wieden (4. Bezirk) die Viktorgasse nach ihm benannt. Auch die Pflanzengattung AntoniaPohl aus der Familie der Brechnussgewächse (Loganiaceae) ist nach ihm benannt.[1]
Heinz Pardun: Die Wahl des letzten Kurfürsten von Köln Anton Viktor in Arnsberg. In: Zuflucht zwischen den Zeiten 1794–1803. Kölner Domschätze in Arnsberg. Arnsberg 1994, ISBN 3-928394-11-8
Marcus Wüst: Anton Viktor Joseph Johann Raymund von Österreich. In: Biographisch-Bibliographisches Kirchenlexikon (BBKL), Bd. 42, hg. v. Traugott Bautz, Nordhausen 2021, Sp. 38–41.