Neben der Tätigkeit als Gymnasiallehrer veröffentlichte Plüss mehrere wissenschaftliche Arbeiten, darunter sein bekanntestes Werk Vergil und die epische Kunst aus dem Jahre 1884, ein Thema, das Richard Heinze später in einem epochemachenden Werk aufgenommen hat. 1879 lehnte er den Ruf an die Universität Basel ab, wo der Lehrstuhl von Friedrich Nietzsche aufgrund dessen Erkrankung vakant wurde. Seine letzten Lebensjahre verbrachte Plüss in Basel. Seine durch den Schuldienst in Preußen geprägte Persönlichkeit soll laut dem Historiker und Philologen Ueli Dill einen prägenden Einfluss auf seine Zeitgenossen ausgeübt haben.
Veröffentlichungen (Auswahl)
De Cinciis rerum Romanorum scriptoribus. Dissertation. Bonn 1865.
Die Entwicklung der Centurienverfassung in den beiden letzten Jahrhunderten der Römischen Republik, Leipzig 1870 (archive.org).
Der Reiz erzählender Dichtung und die Aeneide Vergils. Basel 1882.
Horazstudien: Alte und neue Aufsätze über Horazische Lyrik. Leipzig 1882 (archive.org).
Vergil und die epische Kunst. Leipzig 1884 (2. Auflage 1980; archive.org).