Schaffran wurde als Sohn eines Lehrers geboren. Dieser war zuvor von Breslau nach Leschnitz am Annaberg versetzt worden. Im Ersten Weltkrieg fiel er als Offizier und die Witwe zog mit Gerhard und dessen Geschwistern nach Görlitz. Gerhard Schaffran besuchte zunächst ein Gymnasium in Berlin, legte das Abitur in Görlitz ab und studierte in BreslauKatholische Theologie. Nach seiner Priesterweihe am 1. August 1937 durch Adolf Kardinal Bertram war Schaffran zuerst Kaplan in Breslau, durch den Krieg dann Militärpfarrer und anschließend als Gefangenenseelsorger freiwillig in sowjetischer Kriegsgefangenschaft in Aserbaidschan. Nach seiner Entlassung ging er bewusst in die DDR, wo er Rektor des Katechetenseminars in Görlitz war und ab 1959 als Dozent für Homiletik am Priesterseminar in Neuzelle und als Gefängnisseelsorger wirkte.
Am 8. November 1963 wählte ihn das Görlitzer Domkapitel zum Nachfolger von Bischof Ferdinand Piontek und am 26. November 1963 wurden ihm vom Heiligen Stuhl, wie Piontek, alle Rechte eines residierenden Bischofs verliehen.[1] Zur Unterstützung wurde ihm nach seiner Ernennung zum Bischof von Meißen ein Weihbischof zur Seite gestellt, Bernhard Huhn, der in der Nachfolge Schaffrans 1972 in Görlitz Apostolischer Administrator dieses Diözesangebietes wurde.
Am 23. September 1970 trat Gerhard Schaffran das Amt als Bischof von Meißen an. Bis 1987 leitete er das Bistum Meißen, dessen Name am 15. November 1979 in Bistum Dresden-Meißen geändert und dessen Sitz 1980 von Bautzen nach Dresden verlegt wurde. Von 1980 bis 1982 saß er der Berliner Bischofskonferenz vor. Ein Höhepunkt in seinem Wirken war die Ausrichtung des einzigen Katholikentreffens in der DDR vom 10. bis 12. Juli 1987 in Dresden.
Am 1. August 1987 nahm Papst Johannes Paul II. sein gemäß Kirchenrecht vorgebrachtes Rücktrittsgesuch an. Schaffran starb 1996 in Dresden und wurde in der Bischofsgruft der Katholischen Hofkirche beigesetzt.
Schriften
Die Stifte Melk, Dürnstein, Göttweig, Klosterneuburg. Langewiesche 1958, zusammen mit Gerhard Kerff.
Marianne Seewald: Solo Dios basta. Gerhard Schaffran. Wegbegleiter in schweren Zeiten 1912–1962. St. Benno, Leipzig 2001 (Erstauflage 1996), ISBN 3-7462-1135-2.
Marianne Seewald: Soli Deo. Gerhard Schaffran. Bischofsjahre 1962–1996. St. Benno, Leipzig 2012, ISBN 3-7462-3489-1.
Konrad Hartelt: Der Kapitelsvikar des Erzbistums Breslau Gerhard Schaffran und das Erzbischöfliche Amt Görlitz (1963–1972) (= Arbeiten zur schlesischen Kirchengeschichte. Band 20). Aschendorff, Münster 2009, ISBN 978-3-402-10178-0
↑Konrad Hartelt: Ferdinand Piontek (1878–1963) : Leben und Wirken eines schlesischen Priesters und Bischofs. In: Forschungen und Quellen zur Kirchen- und Kulturgeschichte Ostdeutschlands. Band39. Köln/Weimar 2008, ISBN 978-3-412-20143-2, S.423.