Malanga ist als erster Assistent des Pop-Art-Künstlers Andy Warhol bekannt geworden. Warhol hatte Anfang der 1960er Jahre seine Karriere als Werbegrafiker beendet und sich der freien Kunst zugewandt. Für die Herstellung der von ihm bevorzugten Siebdrucke suchte er einen Mitarbeiter, den er im Juni 1963 in Malanga, zu dieser Zeit Student am Wagner College in Staten Island, fand. Malanga, ein begeisterter Gedichteschreiber in der Tradition der Beat Generation, hatte schon einige Verse in Studentenzeitschriften veröffentlicht.
Zwischen 1964 und 1966 assistierte Malanga Warhol bei den so genannten Screen Tests, insgesamt mehr als 300 Kurzporträts (jeweils eine 16-mm-Filmrolle von drei Minuten); auch von Malanga existieren Aufnahmen aus dieser Serie. Er selbst war oft als Darsteller vor Warhols Kamera in den frühen Experimentalfilmen zu sehen. 1964 hatte er seine erste Rolle in Kiss, wo er mit Mark Lancaster dem Filmtitel entsprechend agierte. Er hatte auch Rollen in Batman Dracula, in Couch (beide vom Juli 1964) und in Vinyl (März 1965), einer Underground-Verfilmung des Romans A Clockwork Orange. Teilweise übernahm Malanga auch die Kameraführung an Stelle von Warhol.
Malanga mit seiner Katze Archie, 2005
1968 zerstritt sich Malanga mit Warhol, mit dem Ende der „Silver Factory“ kam auch das Ende seiner Mitarbeit. Malanga begab sich vor dem Umzug an den Union Square auf eine längere Reise nach Italien, und Warhol war sauer deswegen; überdies wurde im Februar bekannt, dass Malanga in Rom versuchte, von ihm gefälschte „Warhols“ zu verkaufen. Noch Jahre später beklagte sich Warhol in seinem Tagebuch (1. Dezember 1976, 6. Mai 1978 und öfter), dass eine ganze Reihe von gefälschten „Electric Chairs“ und „Flowers“ in amerikanischen und europäischen Galerien kursierte. Malanga distanzierte sich zunehmend von der Warhol'schen Kunstfabrik und konzentrierte sich auf seine eigene künstlerische Arbeit als Fotograf. So entstanden zahlreiche Porträtaufnahmen zumeist aus der Rock-, Literatur- und Undergroundkultur (z. B. Mick Jagger, William S. Burroughs, Patti Smith oder Iggy Pop). In späteren Jahren widmete er sich auch der Aktfotografie.
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