Gapan liegt rund 90 Kilometer nördlich der Hauptstadt Manila. Zur Meeresküste im Osten sind es 50 km. Cabanatuan befindet sich 20 km im Norden, nach Tarlac City im Nordwesten sind es 35 km und nach Angeles City im Südwesten 40 km. Über Gapan erreicht man den Minalungao National Park.