Saporta begann seine militärische Ausbildung bei der Pagerie und trat dann in das bayerische Heer ein. Dort wurde er Adjutant des Prinzen Otto. Als dieser 1832 König in Griechenland wurde, begleitete er ihn als Hauptmann nach Griechenland und wurde dort dessen Hofmarschall. Im Auftrag Ottos nahm er dort auch naturwissenschaftliche Forschungen auf und vermittelte dafür 1835 dem Hauslehrer und Arzt seiner Familie, Carl Fraas eine Anstellung als Hofmeister. 1837 kehrte er nach Bayern zurück.[1] Dort wurde er durch Ludwig I. zum Hofmarschall von Königin Therese bestellt. Aus dem Militärdienst schied er als Generalmajor aus und wurde zum königlichen Kämmerer ernannt.
Die Grafen von Saporta stammten ursprünglich aus Saragossa in Aragonien und schrieben sich Zapoxta. Im 15. Jahrhundert gelangten sie nach Frankreich, wandelten den Namen in Saporta und wurden zu einer verbreiteten Adelsfamilie.
Saportas Vater Anton August von Saporta nahm kürpfälzischen Dienst, erhielt dort 1768 die Anerkennung seines französischen Grafentitels und wurde kurfürstlicher Kammerherr sowie Rittmeister. Später trat er als Oberst in die Garde Pfalz-Zweibrückens ein. Seine zweite Gemahlin Henriette von Geispitzheim gebar ihm Friedrich Karl.
Friedrich Karl von Saporta heiratete 1824 Clara Elisabeth von Stetten (1804–1835), im Jahre 1838 Johanna Freiin von Fechenbach-Laudenbach († 1839). Der ersten Ehe entstammt die Tochter Gräfin Caroline Stephanie (* 1824), ab 1847 Freifrau von Rolshausen.