1947 heiratete er seine Frau Anna Maria († 2005 im Alter von 81 Jahren). Aus der Ehe gingen zwei Töchter und ein Sohn hervor.[1] Pfleger war unter anderem als Rechtsanwalt am Bundesgerichtshof tätig. Er war rund 25 Jahre Vorstand des Weidener Anwaltsvereins. Über 40 Jahre engagierte er sich für Behinderte und war 1965 Gründungsmitglied, dann Beirat und von 1990 bis 1998 Vorstandsvorsitzender des Heilpädagogischen Zentrums – Lebenshilfe für Behinderte e.V. (HPZ) in Irchenrieth.[2]
Franz Pflegers Tochter Anne, verheiratete Brünnig, ist in dritter Generation als Rechtsanwältin in der von Pflegers Vater gegründeten Kanzlei tätig.[3] Pflegers Totenmesse fand in der Pfarrkirche St. Josef statt.[4] Sein Leichnam wurde auf dem Weidener Stadtfriedhof beigesetzt.[1]