Anschließend war er Direktor des Kulturbüros und Diözesanassistent der Movimento Ecclesiale di Impegno Culturale (MEIC) sowie Dozent am Priesterseminar in Genua. Danach war er Professor für Christologie, Anthropologie, Sakramentenlehre und Religionsgeschichte an der Theologischen Fakultät von Norditalien in Mailand und Dekan sowie Professor am Istituto Superiore di Scienze Religiose in Genua.[1][2]
Am 31. Januar 2012 ernannte ihn Papst Benedikt XVI. zum Patriarchen von Venedig. Die Amtseinführung fand am 25. März 2012 statt. Als Patriarch von Venedig kann Moraglia nichtliturgische Gewänder in Rot tragen, ohne Kardinal zu sein, das rote Birett ist daher mit einer Quaste versehen, wie es ansonsten für Prälaten üblich ist.[3]