Er trat als Apostolischer Protonotar in den Dienst der Kurie und wurde am 28. November 1765 Referendar an den Gerichtshöfen der Apostolischen Signatur. Vom 19. Januar 1767 bis zum 30. Juni 1772 war er Vize-Legat in Ferrara. Im Januar 1772 begegnet er als Relator der Consulta. Ab dem 14. Februar 1785 war er „oberster Kammerdiener des Papstes“, was zu jener Zeit lediglich ein Benefiziat darstellte; diese Position bekleidete er bis zu seiner Erhebung in den Kardinalsstand. Im März 1786 wurde er zudem Archidiakon von Gerona.
Als am 1. Juni 1795 französische Truppen Ferrara kampflos einnahmen, geriet er als Legat kurzzeitig in Kriegsgefangenschaft. Nach seiner Entlassung ging er nach Rom und dann weiter nach Neapel. Napoléon Bonaparte jedoch beharrte auf Francesco Maria Pignatellis Status als Kriegsgefangenem sur parole, unter Widerruf und ordnete an, er solle sich nach Mailand begeben. Papst Pius VI. bat ihn, dem Folge zu leisten, die Unterzeichnung des Vertrags von Tolentino entband ihn jedoch hiervon.
Francesco Maria Pignatelli nahm am Konklave 1799–1800 in Venedig teil, das Pius VII. als Papst wählte. Nach dem Konklave kehrte er nach Rom zurück, das nun von neapolitanischen Truppen besetzt war. Am 2. April 1800 entschied er sich zur Titelkirche Santa Maria in Trastevere. 1801 wurde er Präfekt der Kongregation für die Regularkleriker.
Als Pius VII. nach Frankreich abreiste, um Napoleon Bonaparte zum Kaiser der Franzosen zu krönen, übergab er Kardinal Pignatelli seine Rücktrittserklärung für den Fall, dass er von den Franzosen mit Gewalt von der Rückkehr abgehalten werden würde. Francesco Maria Pignatelli wurde von französischen Truppen am 10. Dezember 1809 festgenommen und nach der Verhaftung Pius’ VII. ins Exil nach Frankreich verbracht. Er war einer der dreizehn „schwarzen Kardinäle“, denen von Napoleon das Tragen des Kardinalspurpur verboten wurde, weil sie sich weigerten, an der Heirat Napoléons I. mit Marie-Louise am 12. April 1810 teilzunehmen. Auf kaiserlichen Befehl hin wurde er zusammen mit Kardinal Alessandro Mattei nach Rethel verbannt. Nach der Unterzeichnung des Konkordats von Fontainebleau wurde er wieder in seine Ämter eingesetzt. Nach dem Widerruf des Papstes gegen den Vertrag, den Pius VII. nicht als Konkordat anerkannte, schloss Francesco Maria Pignatelli sich diesem Widerruf und damit dem Papst an. Aufgrund seiner angegriffenen Gesundheit blieb er in Paris, während andere Kardinäle am 27. Januar 1814 weiter verschleppt wurden. Durch Anordnung der provisorischen Regierung Frankreichs wurde er am 2. April 1814 befreit. Er begab sich zurück nach Rom und starb dort im Jahr darauf. Beigesetzt wurde er in seiner Titelkirche Santa Maria in Trastevere.
Literatur
Philippe Bountry: Le sacré collège des cardinaux. In: Souverain et pontife. Recherches prosopographiques sur la Curie Romaine à l’âge de la Restauration (1814–1846). École française de Rome, Rom 2002, Rz. 622–624 (französisch, Online-Ausgabe [abgerufen am 18. April 2020]).
↑Philippe Bountry: Le sacré collège des cardinaux. In: Souverain et pontife. Recherches prosopographiques sur la Curie Romaine à l’âge de la Restauration (1814–1846). École française de Rome, Rom 2002, Rz. 622 (französisch, Online-Ausgabe [abgerufen am 18. April 2020]).