Seit 2010 forscht Krammer bei Peter Palese am Institut für Mikrobiologie der Icahn School of Medicine an universellen Grippeimpfstoffen und an Impfstoffen gegen Lassa-, Hanta- und Ebolaviren. Er ist Redaktionsmitglied der Zeitschriften Journal of Virology, PLOS ONE und Heliyon. Im COVID-19-Fachrat der österreichischen Tageszeitung Der Standard ist Krammer Mitglied.[3] Aufgabe des Fachrats ist die mediale Wissenschaftskommunikation rund um die COVID-19-Pandemie.[4] Im September 2019 erhielt Florian Krammer gemeinsam mit anderen Forscherinnen und Forschern 2 Millionen Dollar von der Bill & Melinda Gates Foundation zur Entwicklung eines Grippeimpfstoffs, der auf breiter Basis gegen viele Virusstämme schützen soll.[5] Mit 1. März 2024 übernahm er die Professur für Infektionsmedizin an der Medizinischen Universität Wien.[6]