Am 13. Mai 1997 erfolgte die Ernennung zum ersten Bischof des neugegründeten Bistums Merlo-Moreno nahe der argentinischen Hauptstadt Buenos Aires. In der argentinischen Bischofskonferenz AICA war er Mitglied des Ausschusses der Caritas und Sozialpastoral. Bargalló war zudem Generalsekretär der Caritas für Lateinamerika und der Karibik und Präsident der argentinischen Caritas.
Im Juni 2012 wurde er in Mexiko am Strand beim Baden mit einer Frau von der Presse entdeckt und fotografiert.[1] Nachdem Bargalló zunächst verlautbaren ließ, es handele sich bei der auf dem Pressefoto abgebildeten Frau „um eine Bekannte aus Kindertagen“, räumte er kurze Zeit später ein, dass er zu dieser Frau „eine nähere Beziehung“ habe. Bargalló bot seinen Rücktritt vom Bischofsamt an.[2] Am 26. Juni 2012 nahm Papst Benedikt XVI. sein Rücktrittsgesuch an.[3]