Maletti war zunächst als Pfarrvikar der PfarreiNuestra Señora del Carmen im Stadtteil Villa Urquiza tätig, bevor er 1977 Ausbilder am Priesterseminar Inmaculada Concepción sowie 1978 zusätzlich Sekretär des Vikariats Villa Devoto und 1981 Diözesanassessor der Jugendabteilung der Katholischen Aktion wurde. Von 1983 bis 1988 war er Direktor des Instituts für BerufungspastoralSan José. Anschließend wirkte Fernando Maletti als Pfarrer der Pfarreien San Juan Bautista (1988–1992) und San Cayetano im Stadtteil Liniers (1992–2001). Zudem war er von 1989 bis 1993 Vize-Assessor des weiblichen Zweiges der Katholischen Aktion im Erzbistum Buenos Aires und Dechant des Dekanats 11 sowie ab 1993 stellvertretender Diözesancaritasdirektor. Ferner gehörte Maletti dem Priesterrat (1989–1996), dem Konsultorenkollegium (1994–1995) und der Liturgiekommission des Erzbistums Buenos Aires an (1991–1995). Außerdem war er von 1988 bis 1995 als Richter am interdiözesanen Kirchengericht der Kirchenprovinz Buenos Aires tätig. PapstJohannes Paul II. verlieh ihm am 28. Februar 1992 den Ehrentitel Päpstlicher Ehrenprälat.[2]
Papst Franziskus ernannte ihn am 6. Mai 2013 zum Bischof von Merlo-Moreno.[4] Die Amtseinführung erfolgte am 9. Juni desselben Jahres. In der Argentinischen Bischofskonferenz war Fernando Maletti Vorsitzender der Kommission für die Hilfe für die bedürftigen Regionen und Mitglied der Kommission für die Indígena-Seelsorge.[2] Von 2014 bis 2017 gehörte er der Kommission für die Sozialpastoral an und war bischöflicher Delegierter für die Basisgemeinden.[1]
Fernando Maletti starb am 8. März 2022 an Bauchspeicheldrüsenkrebs in der Klinik San Camilo im Stadtteil Villa Crespo in Buenos Aires, in der er seit Anfang des Jahres behandelt worden war.[1]
