Von 1923 bis 1929 war er als Professor des Lehrstuhls für Dekorations- und Monumentalmalerei an der Kunsthochschule Krakau tätig. In Krakau wurde er Mitglied der dortigen Künstlergruppen „Rytm“, (deutsch: Rhythmus) „Pryzmat“ (deutsch: Prisma) und „Jednoróg“ (Deutsch: Einhorn). Ab 1930 übernahm er den Lehrstuhl für Staffeleimalerei an der Akademie der Bildenden Künste Warschau.
Kowarskis Stil lehnte sich an barocken und romantischen Kunstformen an. Monumentalistische, in Formensprache disziplinierte Werke waren charakteristisch für seine Arbeiten, die in Verbindung zu architektonischen Motiven oder in der Dekorationsmalerei entstanden. Er erhielt mehrfach große Aufträge zur Innenraum-Ausgestaltung, wie im Krakauer Wawel-Schlosses (Deckenmalerei, 1925–1929), im Jasna-Gora-Kloster (Wandmalerei, 1928–1929) und im polnischen Pavillon auf der Weltfachausstellung „Exposition International des Arts et Techniques dans la Vie Moderne“ in Paris im Jahr 1937 (Deckenmalerei). In der Staffeleimalerei bestimmten Landschaften und Figurenkompositionen seine Motive. In seiner „Krakauer Periode“ malte Kowarski vorwiegend Landschaften aus dem Gebiet um Ojców, wie die Bilder „Dolina Będkowska“ (deutsch: Będkowska-Tal), „Krajobraz z Ojcowa“ (deutsch: Landschaft von Ojców) und „O zachodzie“ (deutsch: Beim Sonnenuntergang).
Kowarski stellte in Krakau, Lemberg und Warschau wie auch mehrfach im Ausland (Wien, Venedig, Paris, Berlin) aus. Die Nationalmuseen in Krakau, Posen und Warschau (Gemälde „Proletariatczycy“) und die polnische Nationalbank haben seine Bilder angekauft. Für sein Deckengemälde im Krakauer Schloss (Halle unter den Vögeln) wurde er prämiert.
Tomasz Adam Pruszak, Malarstwo polskie ze zbiorow Narodowego Banku Polskiego (Polish Paintings in the Collection of the National Bank of Poland), NBP – Nationalbank Polen (Hrsg.), Verlag Rosikon Press, ISBN 978-83-88848-69-8, Warschau 2009, S. 19 und 70
