Sein Regiedebüt gab Akhtar 2001 mit dem Dil Chahta Hai, einem Komödien-Drama mit Aamir Khan und Preity Zinta in den Hauptrollen. Der Film wurde sehr erfolgreich.
Das nächste Projekt Mut zur Entscheidung – Lakshya (2004) wurde zwar nicht zum Kassenschlager, brachte aber die Kritiker auf seine Seite.