Farah Khan ist bereits im Filmmilieu aufgewachsen. Ihr verstorbener Vater Kamran Khan war ein Bollywood-Regisseur der 50er und 60er Jahre, ihr Bruder ist TV-Star und ebenfalls seit kurzem Regisseur. Sie hat nie eine Tanzausbildung genossen und hatte lange Zeit auch nicht vor, ins Filmgeschäft einzusteigen. Angeblich soll Michael Jacksons Musikvideo Thriller sie so fasziniert haben, dass sie anfing zu tanzen und ihre erste eigene Tanzgruppe The Sphinx gründete. 1992 engagierte Mansoor Khan sie für seine Produktion Jo Jeeta Wohi Sikandar, und ermöglichte ihr so den Einstieg ins Filmgeschäft.
Seitdem hatte sie für viele Filme als Choreografin gearbeitet. Vor allem mit Shah Rukh Khan in der Hauptrolle. Ihren Durchbruch schaffte sie mit der Choreografie zu dem Lied Chaiyya Chaiyya aus dem Film Dil Se. Hier ließ sie eine ganze Tanzgruppe mit Shah Rukh Khan auf einem fahrenden Zug tanzen.
Eigentlich wollte Farah Khan schon immer Regisseurin werden und hatte 2004 mit Hilfe von Shah Rukh Khan (Hauptdarsteller und Produzent) ihr Regiedebüt mit dem erfolgreichen Film Main Hoon Na. Mit diesem Film war sie die erste Frau, die für die beste Regie bei den Filmfare Awards nominiert wurde.
