Toussaint begann seine Karriere 1972 als Pianist in der Band Odradek; 1975 spielte er in der Jazz-Formation Blue Note, mit der auch seine erste Plattenaufnahme entstand. Im Oktober 1976 gründete er die Jazzband Sacbé, zu der auch seine Brüder Enrique (Bass) und Fernando Toussaint (Schlagzeug)[2] sowie der Saxophonist Alejandro Campos gehörten. 1979 ging er mit der Band in die Vereinigten Staaten und arbeitete u. a. in Minneapolis mit dem Gitarristen Will Sumner. 1980 erhielt er von der mexikanischen Regierung ein Stipendium zum Studium in Los Angeles an der Dick Grove Music School, wo er u. a. Unterricht bei Jon Crosse hatte. Mit Crosse spielte er einige Alben für Discovery Records ein (Street Corner, Aztlan und Dos mundos).
Von 1977 bis 2002 zeichnete er für die Filmmusik von 10 Filmen, Kurzfilmen und Dokumentationen verantwortlich, darunter der quasi vollständig auf Sprache verzichtende Film Dollar Mambo (1993).
Toussaint blieb aber auch im Bereich des Jazz aktiv; 2001 bzw. 2004 wurde er für Grammy Awards im Bereich Latin Music für die Alben Gauguin (2001) und Musica de Cámara (2004) nominiert. Mit Eddie Gomez und Gabriel Puentes nahm er in Triobesetzung das Album Oinos auf. Eugenio Toussaint starb im Februar 2011,[1]
möglicherweise an einer Überdosis an Antidepressiva.[3]