Am 3. Juni 1939 gab das Bistum Cagayan de Oro die Provinzen Surigao und Agusan zur Gründung des Bistums Surigao ab. Eine weitere Gebietsabtretung erfolgte am 27. Januar 1951, als die Provinz Misamis Occidental und der südliche Teil der Provinz Lano zur Gründung der Territorialprälatur Ozamis abgegeben wurden.
Am 29. Juni 1951 wurde das Bistum Cagayan de Oro zum Erzbistum erhoben. Zu seinem Gebiet gehören derzeit die Provinzen Misamis Oriental und Bukidnon.