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Als Augenchirurg ist er Leiter des Gesamtrussischen Zentrums für Augen- und Plastische Chirurgie (Всероссийского центра глазной и пластической хирургии) in Ufa. Bekannt wurde er durch seine Behauptung, als erster Chirurg ein menschliches Auge transplantiert zu haben, was es dem Patienten ermöglichte, Licht und grobe Umrisse zu erkennen. Dabei wurden Cornea und Netzhaut zusammen transplantiert; das restliche Auge soll mittels des sogenannten Alloplants, einem in seiner Klinik entwickelten Biomaterial, neugewachsen sein.
Die Proklamation der Operation stieß auf massive Kritik in Fachkreisen. Es wird sowohl die Wirksamkeit des Alloplants als auch die Möglichkeit einer gleichzeitigen Transplantation von Cornea und Netzhaut bestritten.
Bekannt wurde Muldaschew zudem durch sein Buch Das dritte Auge, in dem er ungewöhnliche Theorien zu der Entstehungsgeschichte der Menschheit aufstellt. Diese Theorie baut er vor allem auf tibetanische Mythologie auf, wegen der er mindestens eine ausgedehnte Forschungsreise unternahm.
Werke
Das dritte Auge und der Ursprung der Menschheit. Spektakuläre Erkenntnisse zur Herkunft unserer Zivilisation, ISBN 3-9807507-0-1