Emory McClintock studierte am Dickinson College, ab 1856 an der Yale University und ab 1857 am Columbia College mit dem Bachelor-Abschluss 1859. Danach war er Mathematik-Tutor am Columbia College, bevor er 1860 zum Studium der Chemie nach Göttingen ging. Der Ausbruch des Sezessionskriegs veranlasste ihn zurückzukehren und sich freiwillig zur Unions-Armee zu melden. Eine Erkrankung ließ ihn wieder aus der Armee ausscheiden und er war 1863 bis 1866 US-Konsul in Großbritannien. Ab 1867 war er Versicherungsmakler bei der Asbury Life Insurance Company in New York, ab 1871 bei der Northwestern Mutual Life Insurance Company of Milwaukee und ab 1889 bei der Mutual Life Insurance Company in New York, wo er 1906 Vizepräsident wurde und 1911 in den Ruhestand ging. Auch danach war er beratend in der Versicherungsbranche tätig.
McClintock war lange Zeit der führende Versicherungsmathematiker in den USA. Neben Arbeiten über Versicherungsfragen veröffentlichte er auch rein mathematische Arbeiten.
Als Hobby befasste er sich mit amerikanischer Geschichte. Er war Ehrendoktor der University of Wisconsin (1884), der Yale University (1892) und des Columbia College (1895).