Im September 1914 bekam er das Eiserne Kreuz II. Klasse und wurde zum Vizefeldwebel befördert, bevor er wegen einer schweren Verwundung[1] sechs Monate ausfiel. Im Mai 1915 nahm er seinen Dienst erneut auf und bewarb sich bei der Fliegertruppe. Er wurde bei der Fliegertruppe angenommen, erwarb eine Fluglizenz und wurde am 30. Juli 1916 zur Kampfgruppe 2, Staffel 8 an die Ostfront versetzt. Nach der Verlegung an die Westfront im Januar 1917 konnte Schäfer dort seinen ersten Abschuss erzielen, nun in der Jasta 11 der Kampfgruppe 3.
Nach seinem 30. Sieg starb Schäfer im Kampf am 5. Juni 1917. Um 16:05 Uhr wurde seine Albatros D.III während eines Gefechts gegen FE2d Jäger der 20. Squadron des Royal Flying Corps vermutlich durch die Piloten Lieutenant Harold Satchell und Lieutenant Thomas Lewis über der belgischen Stadt Ypern in Brand geschossen. Schäfers Maschine explodierte und verlor die Tragflächen. Augenzeugen berichteten, dass von der oberen rechten Tragfläche nur das Leitwerk gefunden wurde. Die linke Tragfläche wurde in der Nähe von Zandvoorde südöstlich von Ypern gefunden. In der Nacht fand man auch die Leiche Emil Schäfers und brachte sie zunächst nach Lille. Eine Obduktion ergab, dass nahezu jeder Knochen in seinem Körper gebrochen war, sein Schädel war zerschmettert und sein Herz zerrissen. Es wurden jedoch keine Schussverletzungen festgestellt. Schäfer starb durch den Aufprall beim Absturz seiner Maschine. Sein Leichnam wurde in die Heimat nach Krefeld überführt und dort auf dem Hauptfriedhof bestattet. Das Grab existiert dort noch heute.
Die Kaserne der Bundeswehr mit Flugplatz in Achum bei Bückeburg, auf dem sich heute das Internationale Hubschrauberausbildungszentrum (ehemals Heeresfliegerwaffenschule) befindet, wurde 1961, nach der Übergabe des Flugplatzes durch die Briten an die Bundeswehr, nach ihm benannt. Zu seinem 20. Todestag wurde eine Gedenktafel an seinem Geburtshaus an der Uerdinger Straße 231 angebracht. Das Haus und die Gedenktafel existieren bis heute. Die Stadt Krefeld hat eine Straße in der unmittelbaren Nähe des ehemaligen Flugplatzes von Krefeld, im heutigen Stadtteil Bockum, nach Emil Schäfer benannt.
