Emil Hübner war der Sohn des Malers, Professors und Galeriedirektors Julius Hübner und dessen Frau Pauline, geborene Bendemann (einer Schwester des Malers Eduard Bendemann). Sein jüngster Bruder Eduard (1842–1918) studierte Malerei, sein Bruder Hans Hübner (1837–1884) wurde später Professor für Chemie in Göttingen. Auch Emil Hübners Söhne Heinrich (1869–1945) und Ulrich (1872–1932) wurden Maler, sein dritter Sohn Rudolf (1864–1945) Rechtshistoriker. Emil Hübners Frau Marie (1839–1896) war eine Tochter des Historikers Johann Gustav Droysen und das Patenkind von Hübners Mutter Pauline.
Emil Hübner besuchte das Gymnasium in Dresden und studierte seit 1851 in Berlin und Bonn. Er wurde 1854 in Bonn bei Friedrich Ritschl mit einer Dissertation zum Thema Quaestiones onomatologicae Latinae promoviert und habilitierte sich 1859 in Berlin mit der Schrift De senatus populique Romani actis. Er führte epigraphische Forschungsreisen nach Italien, Spanien und Portugal durch und wurde 1863 außerordentlicher, 1870 ordentlicher Professor für klassische Philologie an der Friedrich-Wilhelms-Universität Berlin.
De senatus populique Romani actis. Teubner, Leipzig 1859 (Habilitationsschrift).
Die antiken Bildwerke in Madrid. Georg Reimer, Berlin 1862.
Inscriptiones Hispaniae Latinae. Reimer, Berlin 1869; Nachdruck de Gruyter, Berlin 1974, ISBN 3-11-003187-6 (Corpus Inscriptionum Latinarum, 2). Supplementum. 1892; Nachdruck 1962.
Inscriptiones Hispaniae christianae. 2 Bände. 1871–1900; Nachdruck Olms, Hildesheim 1975, ISBN 3-487-05483-3.
Inscriptiones Britanniae Latinae. Reimer, Berlin 1873; Nachdruck 1996, ISBN 3-11-003194-9 (Corpus Inscriptionum Latinarum, 7).
Grundriss zu Vorlesungen über die Geschichte und Encyklopädie der classischen Philologie. Weidmann, Berlin 1876; 2. Auflage unter dem Titel: Bibliographie der klassischen Alterthumswissenschaft. Grundriss zu Vorlesungen über die Geschichte und Encyklopädie der klassischen Philologie. Hertz, Berlin 1889; Nachdruck Olms, Hildesheim 1973, ISBN 3-487-04737-3.
Exempla scripturae epigraphicae Latinae. A Caesaris dictatoris morte ad aetatem Justiniani. Berlin 1885; Nachdruck 1979, ISBN 3-11-004139-1 (Corpus Inscriptionum Latinarum, Auctarium).
Correspondência epistolar entre Emílio Hübner e Martins Sarmento: arqueologia e Epigrafia; 1879–1899. Coligida e antoada por Mário Cardozo. Soc. Martins Sarmento, Guimarães 1947.
Römische Herrschaft in Westeuropa (Sammelband vorheriger Schriften). Hertz, Berlin 1890.
Literatur
Hübner, Emil. In: Joseph Kürschner (Hrsg.): Deutscher Litteraturkalender auf das Jahr 1901. Bd. 23, Leipzig 1901, Sp. 622.
M. R. de Berlanga: (Necrología) Emilio Hübner. In: Revista de la Asociacion Artistico-Arqueologica Barcelonesa 3, 1901–1902, S. 185–210; 313–321.
Eduardo Saavedra: Necrología. Emil Hübner. In: Boletín de la Real Academia de la Historia 39, 1901, S. 413–419 (pdf).
Armin Stylow: Von Emil Hübner zur Neuauflage von CIL II. Anhang: Zu einer neuen Pales-Inschrift aus Mirobriga. In: Madrider Mitteilungen 36, 1995, S. 17–29.
Stefan Heid: Art. Emil Hübner, in: Stefan Heid, Martin Dennert (Hrsg.): Personenlexikon zur Christlichen Archäologie. Forscher und Persönlichkeiten vom 16. bis zum 21. Jahrhundert, Schnell & Steiner, Regensburg 2012, Bd. 1, S. 663–664, ISBN 978-3-7954-2620-0.