Nach seiner Rückkehr nach Bayern 1834 diente er weiter in der bayerischen Armee und war vom 27. April 1841 bis 30. März 1848 Kommandant der 1. Kavallerie-Brigade. Zwischenzeitlich war Eduard 1844 zum Ritter des Hubertusordens geschlagen worden. Im Schleswig-Holsteinischen Krieg kämpfte er als Führer der bayerischen Armee[2] mit anderen thüringischen Fürsten auf Seiten des Deutschen Bundes und zeichnete sich bei der Eroberung der Düppeler Schanzen aus. Danach wurde er als Generalleutnant am 18. November 1848 zum Kommandanten der Kavalleriedivision des I. Armee-Korps in München ernannt. Diese Position bekleidete er bis zum 30. September 1851.
Er war ein enger Freund seines Schwagers Ludwig I. von Bayern, mit dem er eine umfangreiche schriftliche Korrespondenz geführt hat. Seit 1843 war Eduard Vorsitzender der Münchner Vereins gegen Tierquälerei.[3]
Von seiner Schwester Therese, der er zeit seines Lebens, vor allem in der Lola-Montez-Affäre, sehr nahestand, wurde er finanziell unterstützt, wodurch er in München ein Haus erwerben konnte. Zusammen mit Therese hatte er das Jagdschloss Seidingstadt geerbt, wofür er sich von seiner Schwester auszahlen ließ.
Eduard starb in München und wurde in der Altenburger Fürstengruft beigesetzt.
Eduards zweiter Ehe mit Luise (1822–1875), Tochter des Fürsten Heinrich XIX. Reuß zu Greiz, die er am 8. März 1842 in Greiz geheiratet hatte, entsprangen zwei Kinder:
Heinrich Ferdinand Schoeppl: Die Herzoge von Sachsen-Altenburg. Bozen 1917. Neudruck: Altenburg 1992, S. 190–191.
Walter Schärl: Die Zusammensetzung der bayerischen Beamtenschaft von 1806 bis 1918. Lassleben, Kallmünz 1955 (=Münchner historische Studien. Abteilung Bayerische Geschichte, Band 1).
Bernhard Friedrich Voigt (Hrsg.): Neuer Nekrolog der Deutschen, 1852, Jahrgang 30, Voigt, Ilmenau [u. a.] 1854.