Von 1956 bis 1971 war Lohse Professor für Neues Testament, zunächst an der Universität Kiel (bis 1964), dann von 1964 bis 1971 an der Georg-August-Universität Göttingen; im akademischen Jahr 1970/71 war er deren Rektor.
Am 24. November 1970 wurde Lohse zum Landesbischof der Evangelisch-lutherischen Landeskirche Hannovers gewählt. Er trat dieses Amt nach Ablauf seines Rektorats im Sommer 1971 an und bekleidete es bis 1988. Von 1979 bis 1985 war er Vorsitzender des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD). In seine Zeit als Vorsitzender des Rates der EKD und der Deutschen Bibelgesellschaft fiel die Revision der Lutherbibel im Jahr 1984. Sie sei „das wichtigste Dokument deutscher Sprache“. Als „verunglücktes Unternehmen“ bezeichnete er hingegen die Bibel in gerechter Sprache, in der unter anderem Erkenntnisse der feministischen und der Befreiungstheologie verarbeitet sind.[5] 1988 wurde er auch Präsident des Weltbundes der Bibelgesellschaften.[6]
Eduard Lohse hatte drei Geschwister. Sein jüngerer Bruder war der Hamburger Theologe Bernhard Lohse. Er war mit der Studienrätin Roswitha Lohse-Flitner verheiratet.[7] Der Humanmediziner und PharmakologeMartin Lohse ist eines ihrer drei Kinder.
Weitere Ämter, Mitgliedschaften und Auszeichnungen
Die Texte aus Qumran. Hebräisch und Deutsch. Kösel, 1964; 4. Auflage, Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt 1986 (5. Auflage 2001 mit Annette Steudel) ISBN 3-534-11613-5.
Die Offenbarung des Johannes (= Das Neue Testament deutsch. Neues Göttinger Bibelwerk. Teilband 11). 8. Auflage, 1. Auflage der neuen Bearbeitung. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1960 (15. Auflage 1993, ISBN 3-525-51378-X).
Die Briefe an die Kolosser und Philemon (= Kritisch-exegetischer Kommentar über das Neue Testament, Bd. 9, 2). 14. Auflage, 1. Auflage dieser Neuauslegung. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1968 (2. Auflage 1977, ISBN 3-525-51636-3).
Die Erneuerung des Menschen und die Veränderung der Gesellschaft im Neuen Testament. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen (= Göttinger Universitätsreden. Heft 55).
Umwelt des Neuen Testaments (= Grundrisse zum Neuen Testament = NTD-Ergänzungsreihe, Bd. 1). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1971 (10., durchgesehene Auflage 2000, ISBN 3-525-51360-7).
Die Entstehung des Neuen Testaments (= Theologische Wissenschaft, Bd. 4). Kohlhammer, Stuttgart 1972, ISBN 3-17-239011-X (6. Auflage = unveränderter Nachdruck der 5. Auflage. 1991, ISBN 3-17-017041-4).
Grundriß der neutestamentlichen Theologie (= Theologische Wissenschaft, Bd. 5, 1). Kohlhammer, Stuttgart 1974, ISBN 3-17-001071-9 (5., unveränderte Auflage, 1998, ISBN 3-17-015790-6).
Theologische Ethik des Neuen Testaments (= Theologische Wissenschaft, Bd. 5, 2). Kohlhammer, Stuttgart 1988, ISBN 3-17-010060-2.
Der Brief an die Römer (= Kritisch-exegetischer Kommentar über das Neue Testament, Bd. 4). 15. Auflage, 1. Auflage dieser Auslegung. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2003, ISBN 3-525-51630-4.
Freude des Glaubens. Die Freude im Neuen Testament. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2007, ISBN 978-3-525-63375-5.
Das Vaterunser. Im Licht seiner jüdischen Voraussetzungen. Mohr Siebeck Verlag, Tübingen 2008, ISBN 978-3-16-149623-3; Neuausgabe: Darmstadt 2011, 2. Auflage 2012, ISBN 978-3-650-25470-2.
Das Urchristentum. Ein Rückblick auf die Anfänge. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2008, ISBN 978-3-525-53382-6.
zusammen mit Karl Lehmann: Paulus, Lehrer der Kirche (Mainzer Perspektiven: Orientierungen, Bd. 7). Bistum Mainz, Mainz 2009, ISBN 978-3-934450-41-7.
deutscher evangelischer Theologe, lutherischer Bischof der Hannoverschen Landeskirche und Vorsitzender des Rats der Evangelischen Kirche in Deutschlands