Seit 1886 befehligte Krieghammer die Kavallerietruppendivision in Lemberg, seit 1888 die 6. Infanterietruppendivision, seit 1889 das 1. Korps als Kommandierender General in Krakau. 1891 wurde er zum General der Kavallerie gemacht. Am 23. September 1893 wurde er nach dem Tod des Ferdinand von Bauer zum Reichskriegsminister ernannt. Von diesem Amt trat er im Dezember 1902 zurück, weil die von ihm eingebrachte Militärvorlage im ungarischen Abgeordnetenhaus auf Widerstand stieß. Sein Nachfolger wurde Heinrich von Pitreich (1841–1920).
Edmund Freiherr von Krieghammer starb am 21. August 1906 in Bad Ischl.
Sonstiges
General von Krieghammer wurde nach seinem Tod in den slowenischen Ort Gomilsko (Gemeinde Braslovče) überführt und am dortigen Friedhof begraben, da sein Schwager, Carl Haupt von Hohentrenk, Besitzer des nahegelegenen Schlosses Straussenegg (Štravsenek) war und dort ein für Beerdigungen der Familie reservierter Bereich des Friedhofes bestand.[3] Das von der zuständigen Gemeinde Braslovče betreute Grabmal ist auch heute noch erhalten.