Er wurde in eine Familie geboren, die ursprünglich aus Cremona stammte. Tatsächlich mussten sein Vater Giovanni Paolo und seine Frau Maria Cremona nach einem Streit kurz vor der Geburt ihres Sohnes in Richtung Brescia verlassen. Er wurde am 26. September 1568 in der Kirche von San Clemente auf den Namen Giovanni Battista getauft. Er hatte eine Schwester namens Innocenza, Mutter des Dominikaners und Bischofs von Alessandria, Deodato Scaglia.
Desiderio Scaglia trat 1584 in den Konvent San Domenico des Dominikanerordens in Cremona ein. Mit dem Gelübde nahm er den Ordensnamen Desiderio an. Später residierte er bis 1592 in Brescia. Von 1595 bis 1596 absolvierte er sein Studium am Dominikaner-Studienhaus in Bologna, danach lehrte er Theologie in Cremona und anderen Städten der Lombardei. Er erwarb sich einen großen Ruf als Theologe und wurde während des Pontifikats von Papst Clemens VIII. zum Inquisitor in den Diözesen Pavia, Cremona und Mailand ernannt.
Er wurde als Beauftragter des Heiligen Offiziums nach Rom berufen, wo er für die Leitung der Prüfungen und die Kontrolle der Bücher zuständig war. Scaglia war der Autor eines Handbuchs für Inquisitoren in italienischer Sprache mit dem Titel Prattica per procedere nelle cause del S. Offizio o Relatione copiosa di tutte le materie spettanti al tribunale del S. Officio, das als Manuskript erhalten blieb. In dem Handbuch veranschaulichte er einige Methoden des Verhörs unter Folter, erläuterte aber auch gemäßigte Thesen und Neuerungen wie den Bedarf an materiellen Beweisen in Fällen von Hexerei. Während seiner Amtszeit sah er sich mit Prozessen gegen Tommaso Campanella, Marcantonio de Dominis, Cyril Lucaris und Galileo Galilei konfrontiert.
Desiderio Scaglia war ein großer Sammler von Kunstwerken und schätzte die heilige Poesie, inspiriert von Giambattista Marino. Er schrieb ein geistliches Idyll mit dem Titel Affetto estatico alle Stigmati di san Francesco, das in die Anthologie von Silvestro da PoppiSette canzoni di sette autori famosi in lode del Serafico Padre S. Francesco, gedruckt in Florenz im Jahr 1606, aufgenommen wurde.
Literatur
Patrick Braun, Hans-Jörg Gilomen: Desiderio Scaglia. In: Helvetia Sacra. Sezione 1, Volume 6, Arcidiocesi e Diocesi, Helbing & Lichtenhahn Verlag AG, Basel 1989, S. 41, 192.
Adriano Caprioli, Antonio Rimoldi, Luciano Vaccaro: Desiderio Scaglia. In: Diocesi di Como. Editrice La Scuola, Brescia 1986, S. 106, 181, 208, 303.