Mit Voranschreiten des Krieges wuchs auch die Anzahl der Kriegsgefangenen (Prisoner of War) und ein Plan für deren Austausch wurde durch ein Kartell gelöst. Am 22. Juli 1862 trafen sich General John Adams Dix von der Union und General Daniel H. Hill von den Konföderierten, um über die Freilassung der Kriegsgefangenen zu verhandeln. Folgende Übereinkunft wurden erzielt: Wenn die eine oder andere Seite einen „Überschuss“ an Gefangenen machte, sollten diese gegen die Auflage (on parole) entlassen werden, keine Waffe mehr anzufassen, während Gefangenen im Austausch den Militärdienst wieder aufnehmen konnten.
Als die Nord-Virginia-Armee nach dem Tod von General Thomas J. Jackson neu organisiert wurde, bekam Hill kein Kommando über ein Korps. Wenig später, am 14. Juli 1863, wurde er schließlich zum Generalleutnant befördert und ersetzte General William Joseph Hardee als Kommandierender General unter General Braxton Bragg. Hardee wurde ausgewechselt, da dieser Bragg häufig kritisiert hatte. Auch Hill hatte Probleme mit Bragg und kritisierte diesen wiederholt. Hill kämpfte unter General Bragg auch in der Schlacht am Chickamauga. Der Mangel an Streben und die vielen Chancen, die Bragg hat verstreichen lassen, brachten Hill so in Rage, dass er PräsidentJefferson Davis vorschlug, Bragg abzulösen. Davis jedoch favorisierte Bragg, so dass letztlich Hill fallen gelassen wurde. Hill verlor sein Kommando und sein Rang wurde nie vom konföderiertenSenat bestätigt, da Davis die erforderlichen Papiere nie weiterleitete.
Daniel H. Hill kehrte nach Virginia zurück und diente im Stab von General P. G. T. Beauregard als Freiwilliger. Später übernahm er das Kommando über eine Division in North Carolina und anschließend General Stephen Dill Lees ehemaliges Korps. Am 26. April 1865 kapitulierte er schließlich zusammen mit General Joseph E. Johnston.
1866 bis 1869 veröffentlichte Hill die Zeitschrift The Land We Love in Charlotte, welche sich mit gesellschaftlichen und historischen Themen beschäftigte, die im Süden großen Einfluss hatte. Von 1870 bis 1877 publizierte er das Magazin The Southern Home. Im Jahre 1877 wurde er Präsident der University of Arkansas, ein Posten, den er bis 1884 innehatte. Im selben Jahr wurde er zum Präsidenten des Military and Agricultural Colleges von Milledgeville, Georgia, ernannt.
Literatur
Hal Bridges: Lee's Maverick General, Daniel Harvey Hill. Bison Books, Lincoln, Neb. 1991, ISBN 0-8032-6096-2 (Nachdruck der Ausgabe New York 1961).
Nathaniel C. Hughes (Hrsg.): A fighter from way back. The Mexican war diary of Lt. Daniel Harvey Hill, 4th artillery, USA. University Press, Kent, Ohio 2002, ISBN 0-87338-739-2.