Cyriakus Werner scheint als Orgelbauer in Graz im Zuge seiner Heirat als „Orgelmacher“ auf. Nach dem Tode seiner ersten Ehefrau heiratete er Maria Juliana, geb. Knäbl. Als Orgelbauer stand er damals in Wettbewerb zu den Orgelbauwerkstätten Ferdinand Schwarz und Andreas Mitterreither und blieb trotz der hohen Qualität seiner Instrumente in deren Schatten. Bislang sind nur wenige Neubauten von ihm bekannt. Nach seinem Tod führte ab 1750 Anton Josef Römer seine Werkstatt in Graz weiter.