Cubillos liegt in der kastilischen Hochebene in einer Höhe von etwa 665 m. Durch die Gemeinde führt die Autovía A-66. Das Stadtzentrum der Provinzhauptstadt Zamora ist nur etwa sieben Kilometer (Fahrtstrecke) in südlicher Richtung entfernt. Das Klima im Winter ist durchaus kalt, im Sommer dagegen warm bis heiß; die eher spärlichen Regenfälle fallen verteilt übers ganze Jahr.
