Cobeña liegt im Nordwesten der Gemeinschaft Madrid, ca. 27 km nordöstlich von Madrid und zwischen drei Hügeln, umgeben von kilometerlangen Getreidefeldern. Der Boden besteht aus Lehm- und Sandschichten, durch die das Wasser in unterirdischen Flüssen fließt und sich mit dem Fluss Jarama vereinigt. Die nächstgelegene Stadt ist Algete, nur 3 km entfernt.
