Die Eritreisch-Orthodoxe Tewahedo-Kirche, die sich – auf historischen Beziehungen zur Koptischen Kirche aufbauend – infolge der Selbständigkeit Eritreas 1993 von der Äthiopisch-Orthodoxen Tewahedo-Kirche abspaltete, hat zwei Millionen Mitglieder in Eritrea (etwa 40 % der Bevölkerung). Im Jahre 1998 ernannte der koptische PapstSchenuda III. Bischof Philippos zum ersten Patriarchen der Eritreisch-Orthodoxen Tewahedo-Kirche und entließ diese zugleich in Autokephalie, unter widerstrebender Anerkennung durch die Äthiopisch-Orthodoxe Tewahedo-Kirche.
Die Eritreisch-Katholische Kirche (Kirche eigenen Rechts der Römisch-katholischen Kirche) wurde 2015 gegründet. Der Kirche gehörten im Jahre 2017 167.722 Mitglieder an, circa 3,3 % der Bevölkerung Eritreas.
Das Außenministerium der Vereinigten Staaten äußerte in seinem Bericht zur Religionsfreiheit 2006, dass Eritrea ein Land besonderer Sorge sei. Es gebe Repression gegen Christen, die ihre Religion außerhalb der anerkannten Kirchen ausüben: Sie wurden für Jahre ins Gefängnis geschickt, es gebe Folter. Nach Angaben der Organisation Open Doors ist das Ausmaß der Diskriminierung und Verfolgung von Christen in Eritrea besonders hoch.[1]