Der CAF Confederation Cup 2016 (aus Sponsorengründen auch Orange CAF Confederation Cup 2016 genannt) war die 13. Spielzeit des zweitwichtigsten afrikanischen Wettbewerbs für Vereinsmannschaften im Fußball unter dieser Bezeichnung. Die Saison begann mit der Vorrunde am 12. Februar 2016 und endete mit den Finalspielen im Oktober und November 2016. Titelverteidiger war der tunesische Verein Étoile Sportive du Sahel.
Die Auslosung fand am 11. Dezember 2015 statt. Die Hinspiele wurden vom 12. bis zum 14. Februar, die Rückspiele vom 26. bis zum 28. Februar 2016 ausgetragen.
Die Auslosung fand am 11. Dezember 2015 statt. Die Hinspiele wurden vom 11. bis zum 13. März, die Rückspiele vom 18. bis zum 20. März 2016 ausgetragen.
Die Auslosung fand am 21. April 2016 statt. Dabei wurde je ein Sieger der zweiten Runde gegen einen Unterlegenen der zweiten Runde der Champions League gelost, wobei die Vereine des CAF Confederation Cups im Rückspiel Heimrecht hatten. Die Hinspiele wurden vom 6. bis zum 8. Mai, die Rückspiele am 17. und 18. Mai 2016 ausgetragen.
Die Gruppenauslosung fand am 24. Mai 2016 in der ägyptischen Hauptstadt Kairo statt. Die acht Sieger der Play-off-Runde wurden in zwei Lostöpfe eingeteilt und zu zwei Gruppen mit jeweils vier Mannschaften gelost. Gesetzt wurden die Mannschaften nach ihren Ergebnissen in den CAF-Wettbewerben der letzten fünf Spielzeiten (CAF-Fünfjahreswertung). Die Gruppensieger und -zweiten qualifizierten sich für das Halbfinale, die Dritt- und Viertplatzierten schieden aus dem Wettbewerb aus. Bei Punktgleichheit zweier oder mehrerer Mannschaften wurde die Platzierung durch folgende Kriterien ermittelt:
Anzahl Punkte im direkten Vergleich
Tordifferenz im direkten Vergleich
Anzahl Tore im direkten Vergleich
Anzahl Auswärtstore im direkten Vergleich
Wenn nach der Anwendung der Kriterien 1 bis 4 immer noch mehrere Mannschaften denselben Tabellenplatz belegen, werden die Kriterien 1 bis 4 erneut angewendet, jedoch ausschließlich auf die Direktbegegnungen der betreffenden Mannschaften. Sollte auch dies zu keiner definitiven Platzierung führen, werden die Kriterien 6 bis 9 angewendet.