Der CAF Confederation Cup 2013 war die zehnte Auflage des zweitwichtigsten Wettbewerbs für afrikanische Fußballvereine. Dieses Jahr nahmen insgesamt 59 Mannschaften an dem Wettbewerb teil, die aus 41 der 59 Landesverbände der CAF stammten.
Der Pokal begann mit den Hinspielen der Vorrunde am 16. Februar 2013 und endete mit dem Rückspiel des Finals am 30. November 2013. In diesem Jahr gewann der CS Sfax seinen insgesamt vierten Titel, der sich mit 3:2 (2:0 1:2) gegen Tout Puissant Mazembe durchsetzen konnte.
Stand es nach Hin- und Rückspiel unentschieden, so wurde zunächst die Auswärtstorregel angewendet und anschließend wurde keine Verlängerung gespielt, sondern direkt im Elfmeterschießen der Sieger ermittelt.
In dieser Runde trafen die Sieger der Zweiten Runde auf die Verlierer des Achtelfinals der Champions League, wobei die Champions-League-Teilnehmer im Hinspiel Heimrecht besaßen.
Zwar gewannen die Rangers mit 1:0, jedoch setzten sie nicht einsatzberechtigte Spieler ein, sodass sie disqualifiziert wurden.
Viertelfinale
Die Gruppenphase wurde in zwei Gruppen mit jeweils vier Mannschaften in Hin- und Rückrunde ausgetragen. Die beiden Gruppenersten qualifizierten sich für das Halbfinale.
Im Halbfinale trafen die beiden Erstplatzierten jeder Gruppe auf den Zweiten der jeweils anderen Gruppe. Die Hinspiele fanden am 6. Oktober, die Rückspiele am 19. und 20. Oktober 2013 statt. Die Gruppenersten hatten im Rückspiel Heimrecht.