Ab 1988 war Schäfer juristische Mitarbeiterin im Rechtsamt der Stadt Freiburg im Breisgau, ab 1990 dessen stellvertretende Leiterin; 1992 wurde sie zur Amtsleiterin gewählt (Leitende Stadtrechtsdirektorin). Sie war Mitglied im Rechts- und Verfassungsausschuss des Städtetags Baden-Württemberg sowie im Arbeitskreis „Öffentliche Einrichtungen“ des Deutschen Städtetags. Seit 2006 ist sie außerdem Ausbilderin für „interessenorientiertes Verhandeln nach Harvard-Konzept“.
Ende März 2024 trat sie in den Ruhestand. Ihr folgte als Regierungspräsident Carsten Gabbert nach.[1] Im Juni 2024 erreichte Schäfer für die Grünen einen Sitz im Gemeinderat in Freiburg.
Bärbel Schäfer ist verheiratet und hat zwei Kinder.