Bonnard liegt etwa fünfzehn Kilometer nordnordwestlich von Auxerre an der Yonne, die die Gemeinde im Westen begrenzt und in die hier der Serein mündet. Umgeben wird Bonnard von den Nachbargemeinden Cheny im Norden und Osten, Beaumont im Süden und Südosten sowie Bassou im Westen.