Chemie und Chemieingenieurwesen lehrte Rathke von 1873 bis 1876 an einer Berufsschule in Kassel. 1876 wurde er besoldeter a. o. Professor an der Universität Halle.[2] Weil er seit 1879 erkrankt war, brauchte er keine Vorlesungen mehr zu halten. 1882 übersiedelte er nach Marburg und hielt dort erste Vorlesungen zur Physikalischen Chemie. Nach seiner Genesung stellte man ihn an der dortigen Philipps-Universität Marburg 1900 als Honorarprofessor ein. 1912 ging Rathke aus gesundheitlichen Gründen in den Ruhestand, den er zunächst in Meran verbrachte. 1915 siedelte er nach Hohenschwangau um, ab 1919 lebte er in Bad Reichenhall, wo er im Alter von 83 Jahren starb.[2]