Fischerauers Vater war Mitglied der Waffen-SS und auch nach 1945 noch überzeugter Antisemit.[2] Bernd Fischerauer studierte nach der Matura in Graz 1961 am Max Reinhardt Seminar und schloss 1965 mit der Regieklasse ab. Seine hauptsächlichen Arbeitsfelder waren Theater und Fernsehen.
Die Inszenierung von Change von Wolfgang Bauer am Volkstheater Wien wurde 1970 zum Berliner Theatertreffen eingeladen. Anschließend machte Fischerauer daraus ein Drehbuch und lieferte 1975 mit Change sein Debüt als Filmregisseur ab. 1971/1972 erhielt er den Karl-Skraup-Preis als bester Regisseur. Er inszenierte auch die vierstündige Fernsehproduktion Blut und Ehre – Jugend unter Hitler (1982).
Sein Fernsehfilm Liebe und weitere Katastrophen (1999) brachte den Hauptdarstellern den Bambi ein, ihm selbst eine Nominierung für den Adolf-Grimme-Preis. In Costa-Gavras’ 2002 erschienener Literaturverfilmung Der Stellvertreter nach Rolf Hochhuth spielte Fischerauer die Rolle des Bischofs von Galen.
Ab 2009 widmete Fischerauer sich im Rahmen der vom Bildungskanal ARD-alpha (bis 2014: BR-alpha) ins Leben gerufenen zehnteiligen Reihe Vom Reich zur Republik Themen aus der Zeitgeschichte zwischen 1862 und 1949.[6][7][8] In der Reihe sind folgende Spielfilme bzw. Dokudramen unter der Regie Fischerauers erschienen:
Bismarcks autoritärer Regierungsstil in der Innen- (Kulturkampf, Sozialistengesetze) und sein auf Ausgleich beruhendes komplexes Bündnissystem in der Außenpolitik (Dreibund) ab 1871, sowie der schließliche Bruch mit dem so wankelmütigen wie geltungssüchtigen Kaiser Wilhelm II., der 1890 zu Bismarcks Entlassung und das Deutsche Reich auf nachhaltigen Kollisionskurs mit seinen Nachbarn führt.
Aufstieg der NSDAP zur Massenpartei in Folge der Weltwirtschaftskrise von 1929 bis Sommer 1932.
Außerhalb der obigen Reihe Vom Reich zur Republik zeichnet „Frei“[2] (2014) die Flucht eines hohen SS-Offiziers nach Südamerika auf den Rattenlinien nach.
Bernd Fischerauer lebte mit seiner Ehefrau, der Schauspielerin Rita Russek, in München und auf Elba.
Er starb im Mai 2017 in München im Alter von 74 Jahren.
