Das ehemalige Benediktinerinnenkloster Neuburg an der Donau befand sich in der ummauerten oberen Stadt, bei der heutigen Hofkirche. Eine Gründungsurkunde ist nicht überliefert und auch das tradierte Gründungsdatum 1002 ist unsicher. Der spätere Kaiser Heinrich II. und seine Gattin Kunigunde gelten aber aufgrund ihrer Zuwendungen nach der lokalen Klostertradition als Stifterpaar. 1007 wurde das Kloster von Heinrich zusammen mit dem nahen Benediktinerinnenkloster Bergen an das von ihm gestiftete Bistum Bamberg übertragen. Die Klöster Neuburg und Bergen waren jeweils der Heiligen Jungfrau Maria und Johannes dem Evangelisten geweiht. Um 1168 entsandte auf Bitten Kaiser Friedrichs I. das Kloster Admont Nonnen nach Neuburg, um das Kloster zu reformieren. Darunter Agnes von Dießen-Wolfratshausen, die Äbtissin wurde.
Die Vogtei über die beiden Klöster Neuburg und Bergen ging nach 1180 von Bamberg an die Wittelsbacher über. Nach 1247 befanden sich Amt Neuburg, Stadt und Klostervogtei zusammen in der Hand der bayerischen Herzöge. Das Benediktinerinnenkloster Neuburg stand fortan in engen Beziehungen zum Haus Wittelsbach. Grundherrschaften und Zehentrechte besaß die Abtei vor allem im Donauraum um Neuburg sowie nördlich bis weit in das Altmühltal und südlich bis über das Donaumoos hinaus. 1463 vernichtete ein Klosterbrand Urkunden und Aufzeichnungen. In den Jahren danach führte Äbtissin Barbara Brunner eine Reform des Klosters durch. Der Konvent zählte in den Jahren nach 1500 knapp 40 Nonnen. Von 1510 bis 1521 war Margarete von Bayern Äbtissin.
An der Stelle des Klosters in Neuburg wurde 1622 ein Jesuitenkolleg errichtet; die Jesuiten waren 1613/14 von Wolfgang Wilhelm, 1614–1656 Herzog von Neuburg, der zum katholischen Glauben übergetreten war, in seine Residenzstadt geholt worden und hatten das leerstehende Benediktinerinnenkloster bezogen. Für ihr 1617 begründetes Gymnasium wurde 1712/15 ein neues Schulgebäude mit Kongregationsaal im 3. Obergeschoss errichtet.
Joseph Benedikt Grassegger: Das ehemalige Nonenkloster in Neuburg, in: Neuburger Kollektaneenblatt 2 (1836), S. 25–29, 41–44, 58–62, 74–79, 81–83 und 3 (1837), S. 11–16, 28–31, 41–44, 59–62, 74–79, 84–88, 91–92
Hermann Schefers: Neuburg an der Donau. Eine kurze Stadtgeschichte. Sonderdruck, München 1988
Reinhard H. Seitz: Neuburg a. d. Donau. In: Die Männer- und Frauenklöster der Benediktiner in Bayern / bearb. von Michael Kaufmann, Helmut Flachenecker u. Wolfgang Wüst (Germania Benedictina; 2,2). Erzabtei St. Ottilien 2014, S. 1401–1416