Die heutige Innenbehörde entstand 1962 aus der Zusammenlegung der vormaligen Polizeibehörde mit dem Landesamt für Verfassungsschutz, dem Statistischen Landesamt, dem Amt für Bezirksverwaltung sowie weiteren Abteilungen aus anderen Behörden.[2]
Die Geschichte der Polizeibehörde wiederum reicht zurück bis ins Jahr 1814, als nach dem Ende der französischen Besatzung erstmals alle polizeilichen Kompetenzen in einer einheitlichen Behörde gebündelt wurden.[3] Geleitet wurde diese von zwei Senatoren als Polizeiherren, die von der sonst üblichen jährlichen Rotation in den Senatsämtern ausgenommen waren. Ab 1875 wurden sie von einem beamteten „Polizeirath“ (später Polizeidirektor, ab 1912: Polizeipräsident) unterstützt.
Nach der Hamburger Verfassung von 1860 und der darin verfügten Trennung von Polizei und Justiz musste die Behörde einige Kompetenzen in der Strafverfolgung und im zivilrechtlichen Bereich abgeben. Aber auch danach war ihr Zuständigkeitsbereich weit gefasst und umfasste bis in die Zeit der Weimarer Republik neben der allgemeinen Ordnungs- und Schutzpolizei zahlreiche Verwaltungsgebiete wie z. B. Bau- und Gewerbepolizei, Wohlfahrts- bzw. Gesundheitspolizei, Fremden- und Gesindepolizei, Hafenpolizei.
Nach 1945 wurde die Polizei unter Aufsicht der britischen Militärregierung reorganisiert. Zahlreiche „Verwaltungspolizeien“ der Vorkriegszeit wurden abgeschafft und die Zuständigkeit der Behörde auf den heute üblichen Kernbereich von Sicherheit, Ordnung und Verbrechensbekämpfung beschränkt.